Au sein de l’écurie Nipponne, point de numéro un. C’est donc sur un pied d'égalité que Rubens affronta Jenson Button. Malheureusement pour lui, il eu beaucoup de mal à se faire à sa nouvelle voiture, et son équipier Anglais le domina toute la saison 2006.

2007 ne se déroula pas sous de meilleurs auspices pour le Brésilien. On aurait pu penser qu’une nouvelle saison catastrophique aurait sonné le glas de la carrière du vétéran du plateau (12 saisons à son actif !) mais Honda a choisi de le renouveler... Nouvelle saison de trop ou dernier sursaut d’orgueil ? Si 2008 s’inscrit dans la lignée des deux saisons précédentes, nous ne pourrons que nous attrister d’avoir été spectateurs de la déchéance et la pathétique obstination d’un pilote qui fut brillant autrefois...